Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 2 PUM w Szczecinie wyodrębnił się w 1956 r. ze struktury ówczesnego Państwowego Szpitala Klinicznego Nr 1 przy ul. Unii Lubelskiej przyjmując nazwę Państwowego Szpitala Klinicznego Nr 2 w Szczecinie, nazwę zmienił w styczniu 1999 roku w związku z wprowadzoną reformą służby zdrowia, uzyskując tym samym osobowość prawną. Od 1999 r. pełna nazwa Szpitala brzmi: Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 2 Pomorskiej Akademii Medycznej Szczecinie. Na przestrzeni kilkudziesięciu lat powstawały nowe bądź zmieniały swą nazwę oddziały szpitalne, powstało Centralne Laboratorium i Centralny Zakład Diagnostyki Rentgenowskiej. Po 1999 roku wyłączone zostały ze struktury Szpitala poradnie stomatologiczne. W roku 2001 Szpital rozpoczął sukcesywną realizację Programu Restrukturyzacji a w roku 2003 podjął działania zmierzające do uzyskania Certyfikatu Jakości ISO 9001-2000.
W dniach 14-16 listopada 2007r. w obszarze działania SZJ został przeprowadzony audyt receryfikacyjny. Z uwagi na profil kliniczny Szpital świadczy usługi zdrowotne III stopnia referencyjności. Przeprowadzony przez niezależną jednostkę certyfikującą Det Norske Veritas. Ważność ceryfikatu została przedłużona o kolejne trzy lata tj. do 09.12.2010r. Zakres ceryfikatu: usługi medyczne w zakresie Nefrologii, Chorób Wewnętrznych Dializ, Ginekologii Operacyjnej i Onkologii Ginekologicznej Dorosłych i Dziewcząt, Położnictwa i ginekologii, Neonatologii, Kardiologii Zachowawczej i Inwazyjnej, Kardiochirurgii, Apteki Szpitalnej. Od 3 listopada 2010 r pełna nazwa szpitala brzmi Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny Nr 2 PUM w Szczecinie.
SPSK - 2 jest szpitalem wieloprofilowym o zabudowie pawilonowej zlokalizowanym w kompleksie odrębnych budynków zbudowanych w latach 1876-1936 o łącznej powierzchni pomieszczeń 26 920 m2. Właścicielem budynków oraz wieczystym użytkownikiem gruntów jest Pomorski Uniwersytet Medyczny w Szczecinie, która przekazała Szpitalowi nieruchomość w użytkowanie.